Фамилия Жаксыканов — одна из тех, что сразу указывает на тюркское происхождение, а точнее — на казахскую или башкирскую среду. Её основа восходит к мужскому имени Жаксыкан, которое в свою очередь составлено из двух частей: «жаксы» (хороший, добрый, благой) и «кан» (кровь, а в именах — хан, владыка). Буквально имя означает «добрый хан» или «благая кровь». В тюркской ономастике такие двухосновные имена с компонентом «кан» — не редкость: они подчёркивали знатное происхождение или пожелание благородства.

Модель образования фамилии — классическая для русификации тюркских имён: к основе Жаксыкан добавили русский патронимический суффикс -ов. Так появилось значение «сын Жаксыкана». Фамилия закрепилась, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда казахи и другие кочевые народы получали фамилии по отцу при переходе к оседлости и учёте в Российской империи.

Географически фамилия Жаксыканов встречается прежде всего в Казахстане, особенно в северных и центральных областях, а также среди казахской диаспоры в России — в Оренбуржье, Астраханской области, Башкортостане. Реже — среди башкир и татар, где имя Жаксыкан тоже бытовало, но в меньшей степени.

С точки зрения словообразовательной редкости — фамилия не массовая, но и не уникальная. Её «изюминка» в том, что она сохранила архаичную форму имени с гласным «а» в первом слоге (Жаксыкан), тогда как в современном казахском языке чаще говорят «жақсы» с твёрдым «қ». Это может говорить о том, что фамилия зафиксировала диалектное или старое произношение, ещё до унификации орфографии в советское время.

Социально предки носителя фамилии могли быть из рода, где имя Жаксыкан давали в честь уважаемого старейшины или батыра. Прямой связи с конкретным сословием (князья, крестьяне) нет: в казахском обществе фамилии не указывали на чин, а лишь на отцовство. Так что Жаксыканов — это память о предке, которого в своём ауле называли «добрым ханом» за щедрость или справедливость.