Фамилия Жанфакуй — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит за пределами славянской традиции. Это не крестьянское прозвище и не производное от православного имени. Скорее всего, перед нами фамилия-калька или транслитерация с одного из тюркских или кавказских языков, где «жан» означает «душа» или «жизнь», а «факуй» может быть искажённым вариантом слова, обозначающего «понимающий», «знающий» (ср. тюрк. «факир» — бедняк, странник, но в переносном смысле — мудрец). Вторая часть фамилии могла также восходить к арабскому «факих» — знаток исламского права. Таким образом, исходное прозвище могло звучать как «Жанфаких» или «Жанфакуй» и означать «человек, понимающий душу», «душевед» или «духовный наставник».

Фамилия явно не прошла через стандартную русскую модель с суффиксами -ов/-ев, -ин, что говорит о её позднем закреплении в документах или о том, что носитель был выходцем из инородческой среды, принявшим фамилию в готовом виде. Встречается она в основном в южных регионах бывшей Российской империи — в Крыму, на Северном Кавказе, в Астраханской губернии, где были сильны тюркские и мусульманские общины. Возможно, предок носителя фамилии был муллой, учителем или странствующим дервишем.

Написание «Жанфакуй» вместо «Жанфаких» — результат адаптации к русской графике и произношению: звук «х» на конце в некоторых тюркских говорах переходит в «й» или «к». Фамилия осталась малораспространённой, что делает её своеобразным маркером — по ней почти всегда можно определить региональные корни семьи.