Фамилия Жанфусан — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования русских фамилий (на -ов, -ин, -ский) и сразу выдает нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия-композит, то есть составленная из двух или трех значимых частей, и её корни лежат за пределами славянского мира.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. Разберем основу: «Жан» (или «Джан») в тюркских языках означает «душа», «любимый», «дорогой». Это распространенный компонент в личных именах и прозвищах (например, Жанболат, Жангельды). Вторая часть — «фусан» — сложнее. Она может быть искажением арабского или персидского слова «хусан» (حسن) — «красота», «хороший», «добрый» (отсюда имя Хасан). В тюркской среде звук «х» часто заменяется на «ф» в заимствованиях, либо «ф» могло появиться из-за особенностей местного говора. Таким образом, Жанфусан может восходить к личному имени типа Жан-Хусан, что значит «дорогой, как красота» или «любимый и добрый».

Вторая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть в среде поволжских татар или башкир, где встречаются составные имена с компонентом «фуса» (от арабского «фусад» — «порча», но это значение маловероятно для личного имени). Скорее, «фусан» — это диалектная форма от «Фасиль» или «Фазул» (знающий, ученый). В любом случае, основа — мусульманское имя, адаптированное в тюркской среде.

Географически фамилия Жанфусан почти не встречается в центральной России. Её можно предположить у потомков татарских мурз, башкирских родов или у народов Северного Кавказа (кумыков, ногайцев), где распространены сложные имена с «жан». В архивных записях XIX века такая фамилия могла фиксироваться в разных вариантах: Джанфусан, Янфусан, Жанфузан.

Суффикса в русском понимании у фамилии нет — она застыла в форме личного имени или прозвища. Это так называемая «неоформленная» фамилия, характерная для неславянских народов, которые долгое время жили в составе Российской империи и не всегда получали русские фамильные окончания. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, не был крепостным крестьянином центральных губерний, а принадлежал к тюркской или кавказской общине, где имя Жанфусан (или его основа) было дано при рождении и затем закрепилось как родовое прозвище.