Фамилия Жаутенова образована от мужской формы Жаутенов, а та, в свою очередь, — от личного имени или прозвища Жаутен. Это типичная для тюркских народов модель: к основе добавляется русский патронимический суффикс -ов/-ев, который в XIX–XX веках закрепил фамилию за целым родом.

Корень «жаутен» восходит к казахскому или, шире, тюркскому слову «жау» — враг, неприятель. Вторая часть «тен» может быть вариантом «тен»/«ден» — тело, либо глагольной формой. Вместе прозвище Жаутен могло означать «вражеское тело» или «тело врага» — так в кочевой среде могли называть воина, добывшего трофей, или человека, прославившегося в стычке. Однако есть и более прозаичная версия: «Жау» нередко входило в состав имен-оберегов. Ребенку давали имя с отрицательным оттенком (вроде «враг»), чтобы отпугнуть злых духов — считалось, что такое имя не привлечет внимание нечистой силы.

Географически фамилия Жаутенова почти наверняка привязана к Казахстану, реже — к приграничным районам России (Астраханская, Оренбургская области), где исторически жили казахи. Суффикс -ов вместо казахского -ұлы/-қызы указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде, вероятно, при переписях конца XIX — начала XX века.

В отличие от фамилий на -ин, которые в тюркской среде редки, -ов здесь стандартный маркер русификации. Интересно, что в казахском языке ударение падает на последний слог (Жаутéн), а в русском варианте оно смещается на предпоследний (Жаýтенова) — это типичный акцентологический сдвиг при заимствовании.

Однокоренные фамилии — Жаутиков (от «жаутық» — враждебный), Жаулыбаев (от «жаулы» — имеющий врага). Все они держатся на степной зоне. Социально носители фамилии — потомки скотоводов или воинов Младшего и Среднего жузов, где имена с корнем «жау» были особенно часты в родовых группах.