Фамилия Жаватханова — это женская форма фамилии Жаватханов, и в её основе лежит цепочка, типичная для тюркских и кавказских ономастических традиций. Корень здесь — личное имя Жаватхан, которое, в свою очередь, является сложносоставным. Первая часть, «Жават», скорее всего, восходит к арабскому имени Джавад (араб. جواد — «щедрый», «великодушный»), которое в тюркских языках часто меняет начальный звук «дж» на «ж». Вторая часть, «хан», — это широко распространенный титул правителя или знатного человека, который в именах часто служил почетным компонентом, подчеркивающим уважение или пожелание власти.

Словообразовательная модель фамилии Жаватханов строится по классическому русскому патронимическому шаблону: к основе имени (Жаватхан) добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Жаватханов). Затем добавляется окончание -а, образующее женскую форму. Таким образом, изначально фамилия означала «дочь (или жена) Жаватхана». В русской традиции фамилии на -ов, как правило, фиксировались в мужском роде, а женская форма возникала как грамматическое склонение, но в современном быту часто воспринимается как самостоятельная фамилия.

Географически фамилия Жаватханова наиболее вероятна для регионов, где распространены тюркские языки с переходом «дж» в «ж»: это может быть Азербайджан, Дагестан (особенно кумыкские или азербайджанские общины), а также Чечня или Ингушетия, где арабские имена с тюркскими титулами — не редкость. Встречается она и у казахов, хотя там чаще фиксируется вариант Джаватханов. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии нередко записывались на слух, поэтому возможны колебания в написании: Жаватханов, Джаватханов, Жаватханов.

Сословного статуса эта фамилия не несёт: титул «хан» в составе имени мог принадлежать как потомку знатного рода, так и простому человеку, которому дали имя с пожеланием стать «ханом». Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или ремесленниками, а сама фамилия закрепилась в XIX веке при массовой паспортизации населения Российской империи. Спорных версий происхождения здесь немного: основа ясна, и все варианты сводятся к уточнению, из какого именно тюркского или кавказского языка пришёл звук «ж» вместо «дж». Правдоподобнее всего версия с азербайджанским или кумыкским посредничеством, где такое смягчение — норма.