Фамилия Ждамеркин — один из тех случаев, когда с первого взгляда понятна основа, но сбивает с толку суффикс. Если отбросить конечное -ин, остаётся Ждамерк. Это сразу наводит на мысль о прозвище, связанном с ожиданием: «ждать» здесь — корень. Но кто такой или что такое «мерк»?

Самая правдоподобная версия выводит фамилию из двух основ: «ждать» и «меркнуть» (тускнеть, терять свет, угасать). В говорах «мерклый» означало «вялый, слабый, блёклый». Прозвище Ждамерк могли дать медлительному, «затухающему» человеку, которого вечно ждут, или, напротив, тому, кто сам кого-то долго дожидался и «померк» от усталости. Сочетание двух глагольных корней в одном прозвище — черта народной языковой игры, где «ждать-меркнуть» звучало почти как приговорка.

Модель образования фамилии стандартна для восточнославянских земель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Ждамеркин — буквально «сын (или потомок) Ждамерка». Такая форма типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были конкретными и бытовыми.

Вряд ли фамилия имеет отношение к немецкому «Мерк» (торговая марка) или к тюркским корням — слишком прозрачна славянская основа «ждать». Встречаются однокоренные варианты: Ждамер, Ждамеров, но Ждамеркин — более редкий, с двойной консонантной группой в середине, что делало её «крепкой» на слух.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России, возможно, с очагами в Нижегородской или Владимирской губерниях — там любили составные прозвища. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за человеком с заметной чертой характера — неспешностью или «угасающим» видом.