Фамилия Жебсаин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не географическое название, а личное имя восточного происхождения. Скорее всего, это русифицированная форма тюркского или арабо-персидского имени Джебсаин (Джабсаин). В таком имени две части: «джеб» (или «джаб») — в тюркских языках может означать «стрела», «лук» или «вооружение», а «саин» — «хороший», «добрый», «благородный» (из арабского через тюркское посредство). В целом имя-композит могло значить «добрая стрела» или «благородный воин», что для кочевых народов было естественным пожеланием мальчику.

Окончание -ин указывает на русскую модель образования фамилий: от имени или прозвища отца, отвечая на вопрос «чей?». То есть Жебсаин — это «сын (или потомок) человека по имени Жебсаин». Такие фамилии чаще всего встречаются у татар, башкир, казахов и других народов, долгое время живших в тесном контакте с русскими и принимавших православие. В документах XIX века подобные имена фиксировались в Оренбургской, Уфимской и Астраханской губерниях.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия восходит к прозвищу Жебса, образованному от диалектного слова. В некоторых говорах «жебсать» означало «чавкать», «сосать», но такое прозвище вряд ли дало бы устойчивую фамилию, да еще с редким суффиксом -ин. Поэтому основная гипотеза — антропонимическая, связанная с личным именем.

Среди носителей фамилии Жебсаин нет громких исторических фигур — это фамилия крестьянского, мещанского или казачьего сословия, преимущественно из южноуральского и поволжского регионов. Встречается она крайне редко, что говорит о компактном ареале происхождения — возможно, из одной или нескольких родственных семей, чей предок носил это имя. Для потомков это прямая нить к корням: фамилия хранит тюркское имя, которое почти исчезло из бытового обихода, но осталось в документах.