Фамилия Жефанов — одна из тех, где основа почти стёрта, а суффикс выдает позднее происхождение. Модель образования простая: к основе «Жефан» прибавили типичный русский суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Жефана). Вопрос в том, что скрывается за словом «Жефан».

Самый прямой путь — считать Жефана вариантом канонического имени Иосиф. В народном произношении имя Иосиф давало множество форм: Осип, Есип, Есиф, а в некоторых говорах — Жесиф и Жефан. Переход начального «Ио» в «Же» — явление редкое, но объяснимое фонетическим сдвигом и влиянием местных диалектов, особенно в южнорусских и белорусских землях. Если так, то предок носителя фамилии был человеком по имени Жефан, то есть Иосиф, а фамилия означает «сын Иосифа».

Есть и другая версия, менее очевидная. Основа «жеф» может восходить к заимствованному слову «жеф» или «жефа» — в некоторых русских говорах так называли скупердяя, скрягу (от французского «chef»? — сомнительно, скорее местное переосмысление). Тогда Жефан — человек, получивший прозвище за бережливость или жадность. Но эта гипотеза слабая: слово редкое, почти не зафиксировано в письменных источниках, поэтому версия с именем Иосиф выглядит куда правдоподобнее.

Фамилия Жефанов — нечастая. Она практически не встречается за пределами нескольких регионов центральной России, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища или имени. Сравните с однокоренными: Жефаров, Жефимов — они тоже редки и, скорее всего, образованы от тех же народных форм Иосифа.

Таким образом, скорее всего, Жефанов — это «сын Иосифа», но не через официальную форму, а через живую, разговорную, которая сохранилась только в памяти фамилии.