Фамилия Желифонова — женская форма фамилии Желифонов, которая почти наверняка образована от прозвища или имени, зафиксированного в документах. В основе лежит имя Желифон — вариант канонического имени Феликс (от латинского felix — «счастливый, удачливый»), которое в народной речи переделали до неузнаваемости. Подобные трансформации — обычное дело: Феликс превращался в Филикс, Феоктист — в Фетист, а дальше подключалась местная фонетика. Начальное «Ж» вместо «Ф» — характерная черта северных и южнорусских говоров, где звук [ф] заменяли на [хв] или [ж] (сравните: Фёдор — Хведор, Фома — Хома, а в рязанских и тульских говорах — Жадей вместо Фадей). Так Феликс дал Желикса, а от него — уменьшительное Желифон (по модели «Алексей — Алёша»). Суффикс -он- в таких именах встречается редко, но не единично: известно имя Желихон (из документов XVII века), где тот же корень.

Модель образования фамилии стандартна: имя или прозвище Желифон плюс притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Желифона». Соответственно, Желифонова — «дочь/жена Желифонова». Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным современных справочников, носители сосредоточены в основном в Рязанской области и на юге Московской области — именно там, где говоры активно перерабатывали заимствованные имена. Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «желить» (жать, сжимать, давить) — но тогда прозвище Желифон могло означать «жмущий, сжимающий», что для прозвища слишком абстрактно. Первая версия убедительнее, потому что объясняет редкую форму имени через живые фонетические процессы, а не через натянутые семантические связи.