Фамилия Желкубаева — один из тех случаев, когда тюркская основа и русский суффикс встречаются не в стандартной форме. Вместо привычного -ов или -ев мы видим окончание -а, которое указывает на женскую форму фамилии. Мужской вариант — Желкубаев, и именно от него нужно отталкиваться при поиске корней.

Основа фамилии — имя Желкубай. Оно составное, типичное для казахской и шире — тюркской антропонимии. Первая часть «жел» (жол) означает «дорога» или «путь». Вторая часть «куба» или «кубай» — это «куба» (светлый, бледный, сероватый) или же восходит к «кубай» как варианту «кудай» (бог) в некоторых тюркских диалектах. Наиболее вероятное значение цельного имени — «светлый путь» или «божий путь». В любом случае, это имя-пожелание: родители нарекали так сына, желая ему удачной, прямой и благословенной судьбы.

Модель образования фамилии стандартна для русской традиции фиксации нерусских имён: к основе Желкубай прибавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого или йотированного окончания). Получилось «сын Желкубая» — Желкубаев.

Географически фамилия почти наверняка казахская. Имена с корнем «жол» особенно распространены у казахов, а также встречаются у киргизов и башкир. Встретить Желкубаевых за пределами Средней Азии и Казахстана — редкость, обычно это потомки переселенцев советского времени.

Примечательная деталь: в казахском языке имя могло звучать как Жолкубай, а написание через «е» — результат адаптации при записи в русских документах. Если искать однокоренные фамилии, то это Жолкубаев, Жолдыбаев и более редкие варианты с «куба» в основе — например, Кубаев. Все они восходят к одному пласту имён, где желаемая судьба и светлый цвет сливаются в имя для новорождённого.