Фамилия Жемченков — один из тех случаев, где внешняя прозрачность обманчива. На первый взгляд она кажется «драгоценной» — от слова «жемчуг» (в старом написании «жемчюг»). Но если присмотреться к словообразованию, версия с жемчугом оказывается не самой сильной. От «жемчуг» скорее возникли бы фамилии Жемчугов, Жемчужников или Жемчужный, а здесь мы видим суффикс -енк-, который в русских фамилиях редко присоединяется напрямую к названиям материалов.

Куда правдоподобнее, что в основе лежит прозвище или некалендарное имя Жемчёнок (Жемченок). В древнерусской антропонимии суффикс -ёнок/-енок был типичен для обозначения молодого существа или детёныша — как волчонок, лисёнок, мышонок. Соответственно, Жемчёнок могло означать «маленький жемчуг» — то есть прозвище человека невысокого роста, щуплого телосложения или, возможно, с белесой кожей. Такие «уменьшительные» прозвища были распространены в крестьянской среде XV–XVII веков, особенно в северных и центральных землях России.

Другая, более редкая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «жемчить» — в некоторых говорах так называли ворчливого, нудного человека или того, кто постоянно жаловался. От этой основы через суффикс -енок могло образоваться прозвище Жемчёнок, а затем и фамилия. Однако эта гипотеза менее убедительна: следов такого глагола в письменных источниках почти нет.

Фамилия Жемченков — патронимическая по модели: «чей сын?» — Жемчёнков, то есть сын Жемчёнка. Со временем произошло закономерное фонетическое изменение: безударное «ё» перешло в «е» на письме (как в фамилиях Черенков, Шевелёв). Встречается фамилия в основном в центральных областях России, изредка — на Украине, куда могла попасть с переселенцами.

Таким образом, предки носителей фамилии Жемченков скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, а их родовое прозвище указывало либо на внешность, либо на характер — без всякой связи с ювелирным делом.