Фамилия Жемгулис — редкий случай, когда с большой вероятностью можно говорить о её искусственном, «кабинетном» происхождении. В русской ономастике так называют фамилии, которые не складывались стихийно в крестьянской или городской среде, а целенаправленно придумывались — чаще всего в духовных училищах и семинариях для учащихся из низших сословий. Указание на это даёт суффикс -ис, совершенно нетипичный для исконно русских фамилий, но встречающийся в латинизированных фамилиях семинаристов (сравните: Борисоглебский превращался в Борисоглебис, а просторечное прозвище — в нечто книжное).

Основа «Жемгул» не имеет однозначного славянского корня. Вероятнее всего, она восходит к тюркскому или кавказскому имени-прозвищу. В тюркских языках «жем» (джем, джам) может означать «собирать, копить», а «гул» — «цветок, роза». Таким образом, исходное имя Жемгул (или Джамгул) могло значить «собирающий цветы» или «цветок собрания» — метафорическое имя, нередкое у народов Северного Кавказа и Поволжья. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с литовским или латышским корнем (ср. лит. žemuogė — «земляника»), но суффикс -ис в латышских фамилиях встречается, хотя и не так часто, как -с, -анс, -иньш.

Если это семинарская фамилия, процесс её появления был прост: преподаватель семинарии, увидев в списке ученика с нерусским именем Жемгул, оформил его в фамилию по латинскому образцу, добавив окончание -ис. Так будущий священник или псаломщик получал звучную, «учёную» фамилию, которая отличала его от однодворцев. Географически такие фамилии были распространены в регионах с большим числом духовных училищ — на Украине, в Белоруссии, в южных губерниях России, а также в тех местах, где в семинарии попадали дети из тюркоязычной или кавказской среды (например, Ставрополье, Астрахань, Казанская губерния).

Сегодня фамилия Жемгулис встречается крайне редко, и её носители, скорее всего, потомки именно тех семинаристов или выходцев из смешанной этнической среды, чьё родовое прозвище было «переведено» в книжную форму. Других версий, объясняющих суффикс -ис, ономастика не даёт: это не польский, не украинский и не немецкий патронимический формант. Так что главная загадка фамилии — не в корне, а в том, как и зачем деревенское прозвище получило латинское облачение.