Фамилия Женахандинова — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не ремесло, а целая описательная конструкция из двух слов. Если разобрать её по составу, то корень — «Женахандин», а окончание «-а» указывает на женскую форму. В мужском варианте фамилия звучала бы как Женахандинов.

Самая правдоподобная версия происхождения — от персидского или тюркского словосочетания «джан-хандин» (جان خندین), что можно перевести как «улыбка души» или «смеющаяся душа». В тюркских языках «джан» (или «жан») означает «душа», а «хандин» (от глагола «хандан» — смеяться) — «смеющийся». Такое составное имя могли дать ребёнку как пожелание лёгкого, радостного нрава. Встречается и более прозаичная версия: «хандин» может быть искажением слова «ханум» (госпожа), тогда основа читается как «жена хана» или «ханская жена». Однако для фамилии такая трактовка менее характерна — обычно в фамилиях фиксируется личное качество, а не социальный статус женщины.

Суффикс «-ов» (в мужском варианте) типичен для русской модели образования фамилий от иноязычных основ. Носители фамилии, скорее всего, происходят из регионов, где исторически смешивались тюркские и персидские языки: Азербайджан, Дагестан, реже — Средняя Азия. В русском языке фамилия закрепилась через метрические записи, где женская форма стала официальной для женщин, а мужская — для мужчин.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Поиск по открытым базам данных показывает, что подавляющее большинство носителей — жители Дагестана, в частности Лакского и Кулинского районов. Это косвенно подтверждает тюрко-персидскую основу: в лакском языке много заимствований из этих групп. Фамилия могла принадлежать роду, где в позапрошлом веке кто-то получил прозвище «Джанхандин» (улыбчивый, душевный человек), и оно закрепилось за потомками.

Из-за редкости и сложного состава фамилия часто подвергается искажениям при записи: встречаются варианты Жанахандинова, Жанахандинова, а также ошибочное разделение на два слова. Правильное написание — слитное, с буквой «е» в первом слоге.