Фамилия Женипупиков — редкая и необычная, её происхождение вызывает вопросы даже у специалистов. С большой вероятностью она образована по модели «прозвище + суффикс -ов», что указывает на принадлежность к роду человека, которого в народе называли Женипупик или Женипупа. Основа фамилии — сложное слово, которое скорее всего возникло как шутливое или ироничное прозвище. Первая часть, «жени-», может восходить к глаголу «женить» или существительному «жених», а вторая, «-пупик», — это уменьшительная форма от «пуп» или «пупок». Таким образом, прозвище могло означать «жених с пупком» или «жених-пузан» — то есть человека, который женится, будучи уже не юным, или того, кто слишком озабочен женитьбой. В диалектах русского языка слово «пуп» нередко использовалось в переносном смысле: «пуп земли», «пупок» — как центр, основа, но в сочетании с «жени-» звучит скорее комично.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в центральных и северных регионах России, где эта модель была основной. Южные и западнорусские земли чаще использовали -ин или -енко. Возможно, фамилия возникла не в крестьянской среде, а среди посадских или даже в среде духовенства, где прозвища давали с долей иронии. Однако точных исторических записей о носителях фамилии Женипупиков в дореволюционных источниках почти нет — это говорит о её исключительной редкости. Встречается она, судя по современным данным, в единичных семьях, преимущественно на Урале и в Сибири, куда могла быть занесена переселенцами в XVIII–XIX веках.

Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке некоторые фамилии давали при переписи населения по случайному признаку или по внешности, и прозвище могли записать со слов самого крестьянина, который назвал себя «Жени-пупик» в шутку или от непонимания. Но даже если так, корень остаётся бытовым и не связан с профессиональным прозвищем. Сравните с однокоренными: Пупиков, Женихов — эти фамилии встречаются чаще, но Женипупиков стоит особняком, сохраняя в себе целую маленькую историю о человеке, который, возможно, был известен в деревне своей настойчивой женитьбой или необычной внешностью.