Фамилия Жибенкова — женская форма от Жибенков, и её разумнее всего рассматривать через призму прозвища. Основа «Жи́бен» или «Жи́бень» — редкая, не встречающаяся в современных словарях нарицательных слов. Скорее всего, это диалектное или профессиональное прозвище.

Наиболее правдоподобная версия связывает корень с глаголом «жибить» — в ряде южнорусских и украинских говоров это означало «жать, сгибать, давить». Тогда Жибенем могли назвать человека сутулого, сгорбленного, либо того, кто занимался сгибанием чего-либо — например, изготовлением дуг, полозьев, обручей. В этом случае фамилия прозрачно указывает на физическую особенность или ремесло.

Менее вероятная, но допустимая версия — от имени или прозвища Жиба, которое могло быть сокращением от крестильного имени Жибер (редкое каноническое имя, от венгерского или сербского корня). Однако в русской ономастике такие заимствования единичны, и массовой фамилии они не дали.

Суффикс «-енк-» в сочетании с «-ов» (Жибенков) типичен для восточноукраинской и южнорусской модели образования фамилий от прозвищ на -еня, -ена. Исходная форма — Жибеня или Жибена — со временем переосмыслилась как Жибен, и к ней добавили патронимический суффикс -ов. Таким образом, Жибенков — буквально «сын Жибеня».

Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к Слобожанщине. Встречается редко, что подтверждает её диалектное происхождение. Носительницы фамилии Жибенкова в большинстве своём — потомки крестьян или ремесленников из чернозёмной полосы, где слово «жибить» было в ходу.