Фамилия Жолонский — редкий пример, где на слух угадывается польский или западнорусский суффикс -ский, но корень вызывает вопросы. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, эта модель указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в Речи Посполитой и на западе Российской империи фамилии с -ский носили люди, владевшие землёй или имевшие отношение к конкретному поместью.

Самая вероятная версия — топонимическая. Фамилию могли получить по названию населённого пункта вроде Жолонь, Жолоны или Жолонск. Такие названия встречаются на территории бывшей Речи Посполитой — в современной Польше, Беларуси или на западе Украины. Корень «жолон» может восходить к древнему слову, связанному с желтизной (сравните с польским żółty — жёлтый), либо к диалектному обозначению болотистой или глинистой местности. Второй вариант — отчество от прозвища Жолон: так могли назвать человека со светлыми, «жёлтыми» волосами или сварливым характером (в старых говорах «жолон» иногда означало «желчный»).

В русском контексте фамилия могла появиться через выходцев из шляхты, перешедших на службу к московским царям. В послепетровское время такие фамилии закреплялись за духовенством — выпускники семинарий нередко получали искусственные фамилии с -ский, образованные от названий сёл или церквей. Если Жолонский — семинарская фамилия, её могли дать по храму, стоявшему на жёлтой глине или посвящённому святому с «жёлтым» атрибутом.

Словообразовательная модель проста: основа «Жолон» + суффикс -ск(ий). Это типичный притяжательно-географический суффикс, который указывал на принадлежность к месту или роду. Написание с буквой «ё» в корне — русская адаптация: в польском варианте фамилия выглядела бы как Żołoński, но в русской передаче «ж» заменила ż, а «о» после шипящего под ударением превратилась в «ё».

Фамилия редкая: в современных базах она встречается единично, в основном на западе России и в Сибири — куда переселялись крестьяне и ссыльные. Социальный состав носителей в XIX веке, скорее всего, был смешанным: от обедневших дворян до духовенства, но точных данных о сословной принадлежности без генеалогического поиска не найти.