Фамилия Жубжудиста — редчайший случай в русской ономастике. Она явно не вписывается в стандартные модели образования русских фамилий, где преобладают суффиксы -ов, -ев, -ин, -ский. Её основа и окончание выдают иноязычное происхождение, скорее всего, с Кавказа или из Закавказья. Скорее всего, перед нами русифицированная запись грузинской, абхазской или осетинской фамилии, где русское окончание -а (в именительном падеже) закрепилось как часть основы.

Разбор слова показывает корень «жубжуд» и суффикс -ист-, который в русском языке обычно указывает на приверженца какого-либо учения (марксист, буддист) или на профессию (гитарист, таксист). Однако в данном случае «-ист» — это не русский суффикс, а часть исходной основы. В языках народов Кавказа часто встречаются фамилии, оканчивающиеся на -дзе, -швили, -ия, -ба, -ста. Окончание -ста (или -иста) характерно для некоторых абхазских и адыгских фамилий, а также для мегрельских (например, фамилии на -ия, -ста). Ближайшая параллель — грузинские фамилии с суффиксом -иста, которые означали «тот, кто занимается чем-то» или «обладающий чем-то». Например, «джохиста» — «тот, у кого есть дубинка».

Вероятнее всего, Жубжудиста происходит от прозвища или имени Жубжуд (или Джубуду) с добавлением суффикса принадлежности. Корень «жубжуд» может быть звукоподражательным (бормотание, жужжание) или связан с обозначением какого-то предмета или занятия. В грузинском языке есть слово «жубу» (губа), но это лишь догадка. Другая версия, менее вероятная, — что фамилия тюркского происхождения, от слова «джубу» (сосуд, кувшин) или «жубжуд» (вид птицы).

Поскольку фамилия не встречается в массовых реестрах, её носители, скорее всего, происходят из небольшого рода, компактно проживающего в одном из регионов Кавказа. При переезде в Российскую империю или СССР фамилию записали на слух, сохранив характерное окончание, которое в русском языке стало восприниматься как окончание существительного женского рода (ср. «артист» — «артистка»). В итоге фамилия Жубжудиста осталась неизменной для всех членов семьи, что для русской традиции нетипично (мужские фамилии обычно склоняются, а женские нет, но здесь форма едина). Это ещё раз подтверждает её иноязычную природу.