Фамилия Жугдынский — редкая, но её устройство довольно прозрачно для того, кто знаком с географией Восточной Европы. Она образована по стандартной модели польско-украинских фамилий на -ский (ср. Замойский, Потоцкий), которые указывали на связь с местностью. Основа — Жугдын- — почти наверняка восходит к названию населённого пункта. Скорее всего, это деревня или местечко с корнем Жугдынь или Жугдын.

Где искать такую топонимику? Вариантов несколько. Первый и самый вероятный — Литва или историческая территория Великого княжества Литовского. В Литве есть деревня Жугдиняй (Žiugdyniai), и фамилия могла возникнуть от неё через полонизированную форму. Второй вариант — западные области современной Украины или Беларуси, где встречаются названия с похожей фонетикой (например, Жугдины). Третий, менее вероятный, — искусственное происхождение фамилии в семинарской среде, но для этого корень слишком специфичен и не похож на латинские или греческие «благозвучия».

Сама основа Жугдын- тёмная. Если отбросить суффикс -ин-, который в топонимике часто указывает на принадлежность (чья земля), остаётся корень Жугд-. Он может быть связан с литовским žiugti (чахнуть, сохнуть) или žiūgždėti (скрипеть, хрустеть). В таком случае название деревни могло описывать сухую, песчаную местность. Или же это антропоним: прозвище человека с хриплым, «скрипучим» голосом.

По сословному происхождению фамилия на -ский чаще всего указывает на шляхетские или, как минимум, землевладельческие корни. Носитель фамилии Жугдынский, вероятно, был потомком того, кто владел усадьбой в Жугдыне или происходил из тамошней мелкой шляхты. В Российской империи такие фамилии нередко встречались среди однодворцев и обедневших дворян западных губерний. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что говорит о сохранении её в узком роду, без массового расселения.