Фамилия Жугенова — женская форма фамилии Жугенов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «Жуген», и это не что иное, как фонетически изменённое тюркское имя Джукен или Жукен. В казахском, башкирском и татарском именослове имя Жукен (или Жүкен) было распространено, оно восходит к слову «жүк» — «груз, ноша». Имя могли давать с пожеланием, чтобы человек был надёжным, «несущим свою ношу», то есть ответственным и крепким в жизни.

Суффикс «-ов» в фамилии Жугенов — классический русский патронимический формант. Он указывает на принадлежность: «чей?» — «Жугенов», то есть сын или потомок человека по имени Жуген. Такая модель типична для фамилий, возникших у крещёных тюркских народов в XVI–XIX веках, когда к старому имени добавляли русский суффикс, и фамилия закреплялась в документах. Поэтому носительница фамилии Жугенова — потомок человека, которого звали Жуген, а её предки, скорее всего, жили в среде поволжских татар, башкир или казахов, принявших православие или входивших в состав Российской империи.

Сама фамилия довольно редкая. Встречается преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях и в Казахстане. Интересно, что написание через «Жу-» (а не «Джу-») говорит о том, что имя прошло через русскую передачу, где звук «дж» часто заменялся на «ж». Если бы фамилия писалась как Джукенов, это указывало бы на более позднюю, прямую фиксацию тюркского произношения. Вариант Жугенов — более русифицированный, что типично для фамилий, оформленных в канцеляриях XIX века.