Фамилия Жукобаев — редкий случай, когда тюркская основа «Жукобай» получила русский суффикс -ев, как если бы исходное имя склонялось по образцу «чей? — Жукобаев». На самом деле перед нами типичная для Казахстана и соседних регионов модель: личное имя или прозвище + патронимический суффикс. Базовая форма — Жукобай — сложена из двух тюркских компонентов: «жук» (жук, насекомое, а в переносном смысле — что-то мелкое, хлопотливое, или же имя-оберег) и «бай» (господин, богатый, хозяин). Встречается и версия, что «жук» восходит к древнетюркскому «йук» (ноша, груз), но для фамильного гнезда правдоподобнее первое: имя-оберег, данное, чтобы отвести сглаз — мол, не великий человек, а всего лишь жук, да и тот бай.

Модель образования — на -ев, а не на -ов, — указывает, что основа оканчивалась на мягкий или йотированный звук (Жукобай → Жукобаев). Это характерно для фамилий, возникших в зоне контакта русского и тюркского населения, особенно в Поволжье, на Урале и в Северном Казахстане. Носители фамилии Жукобаев — почти поголовно потомки тех, кого в документах XIX века записывали по отцу: «Жукобай улы» (сын Жукобая), а при русификации добавили русский суффикс.

Интересно, что фамилия не имеет аналогов с суффиксом -ин (Жукобаин не встречается), хотя тюркские имена на -ай обычно дают -ин (как Бабай → Бабаин). Здесь сработала аналогия с фамилиями на -ев от основ на -ей, -ай, где конечный «й» воспринимался как согласный, требующий суффикса -ев. Это косвенно говорит о поздней, возможно, канцелярской фиксации фамилии — в эпоху массового приписывания русских окончаний к тюркским именам.

По сословию предки Жукобаевых — скорее всего, казахи или татары из крестьян или скотоводов. Никаких дворянских ветвей не зафиксировано: фамилия слишком прозрачно указывает на личное имя, а не на владение землёй или титул. Встречается она в основном в Костанайской, Акмолинской областях Казахстана и прилегающих районах России — Оренбуржье, Челябинской области.