Фамилия Жунубаева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный. В данном случае основа — мужское имя Жунубай (Жунупбай). Фамилия указывает на принадлежность: Жунубаева — буквально «дочь или жена Жунубая». Это типичная патронимическая (по отцу) или, реже, семейно-родовая фамилия, характерная для народов, принявших русскую модель фамилий через суффиксы -ов/-ев.

Имя Жунубай составное, тюркского происхождения. Первая часть — Жунуп — это народная форма арабского имени Юнус (библейский пророк Иона). В тюркских языках начальный звук «й» часто переходит в «ж»: Юнус → Жунус. Вторая часть — бай — означает «богатый, хозяин, господин» и в именах указывает на достаток, уважение или пожелание благополучия. Таким образом, Жунубай можно перевести как «богатый, как Юнус» или «господин Юнус». Имя было широко распространено у казахов, киргизов, башкир и других тюркоязычных народов.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Жунубаева не указывает на дворянство или высшее духовенство. Её носители в XIX — начале XX века были преимущественно крестьянами, скотоводами или мелкими торговцами, поскольку имя-основа не содержит титульных или аристократических компонентов. Встречается фамилия почти исключительно в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области, Алтай). За пределами этих мест — редкость, что делает её хорошим маркером происхождения из Центральной Азии.

Интересная деталь: в русских документах XIX века фамилию могли записывать по-разному — Жунубаев, Жунупбаев, Джунубаев. Вариант с «Дж» (Джунубаев) характерен для каракалпакского или узбекского произношения, а с «Ж» — для казахского и киргизского. Форма Жунубаева с суффиксом -а окончательно закрепилась как женский вариант, но в бытовом общении часто используется и как общая фамилия для всей семьи по мужской линии (в документах обычно пишут мужскую форму — Жунубаев).