Фамилия Жупинские — отчётливый представитель «географической» модели, по которой в Речи Посполитой и на западнорусских землях формировали фамилии шляхта и зажиточные крестьяне. Суффикс -ский (-цкий) в польской и украинско-белорусской традиции указывал на владельца поместья или выходца из определённого места. Поэтому Жупинские — это те, кто происходит из местности с названием Жупин, Жупино или Жупины.

Корень «жуп» в славянских говорах многозначен. На юго-западе (Польша, Галиция, Волынь) «жупа» — соляная копь, соляной рудник или варница. В этом случае Жупин — селение при соледобыче, а Жупинские — потомки владельцев или жителей такого промысла. Вторая версия, более прозаическая: в белорусских и украинских диалектах «жупа» — это вид одежды (кафтан, сермяга), а «жупин» — уменьшительное от него. Тогда прозвище Жупа мог получить мастер-портной или человек, носивший приметный кафтан, а его дети, переселившись в другое село, стали Жупинскими.

Географически фамилия привязана к западу современной Украины, югу Беларуси и востоку Польши. В метриках XIX века Жупинские встречаются в Волынской и Подольской губерниях, реже — в Гродненской. Это указывает на шляхетское или мещанское происхождение: крестьянам в центральной России суффикс -ский был несвойствен до отмены крепостного права, тогда как на западе его носили даже однодворцы и чиншевая шляхта.

Спор о корне «жуп» решается в пользу географического названия: слишком много топонимов Жупин, Жупинец, Жупаны зафиксировано на картах Подляшья и Волыни. Версия с одеждой менее вероятна, но не исключена — в польских говорах «żupan» (жупан) означал парадный кафтан, и фамилия Жупинский могла возникнуть как прозвище человека, похожего на пана в жупане.

Сословная принадлежность большинства Жупинских — мелкая шляхта или обедневшие земяне, которые к XIX веку слились с крестьянством, но сохранили фамилию с дворянским суффиксом. В списках дворян Волынской губернии за 1830-е годы Жупинские упоминаются как «дворяне-однодворцы», владевшие хуторами. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог — Жу́пинские, как в большинстве польских фамилий на -ский с основой из двух слогов.