Фамилия Жузайтис — один из тех случаев, когда форма сама подсказывает происхождение. Окончание -айтис (в латинской транскрипции -aitis) — типичный литовский патронимический суффикс, указывающий на происхождение от отца или предка по имени. Это аналог русских фамилий на -ов/-ев или -ин, но с литовской спецификой: суффикс -aitis (в современном литовском чаще -aitis, в исторических записях — -айтис) буквально значит «сын такого-то». Так что Жузайтис — это «сын Жузаса» или «потомок человека по имени Жузас».

Основа фамилии, Жуз-, скорее всего, восходит к литовскому личному имени Juozas (Юозас) — народной форме библейского имени Иосиф. В литовском языке имя Juozas (произносится примерно как «Юозас») могло на письме передаваться по-разному, особенно в польских и русских метриках XIX века, где звук [j] часто заменяли на «ж» (как в фамилиях Жуковский, Журавич). Таким образом, Жузайтис — это фонетический вариант от того же корня, что и более привычная фамилия Юозайтис. Разница в написании — результат адаптации к кириллице: буква «Ю» в начале слова в русском языке редка, и её могли заменять на «Жу», что звучало естественнее для уха писаря.

Версия о том, что основа связана с литовским словом «žuvis» (рыба) или «žudyti» (убивать), маловероятна. Суффикс -aitis присоединяется к личным именам, а не к нарицательным существительным или глаголам, поэтому прозвищное происхождение от «рыбака» или «убийцы» было бы грамматически странным. Исключение — если бы существовало прозвище Žuza, но его фиксация в источниках не обнаружена.

Географически фамилия Жузайтис — продукт западных губерний Российской империи, в первую очередь Ковенской и Виленской, где литовское население было многочисленным. В польскоязычных записях она могла выглядеть как Żuzajtis, а в документах на литовском — как Južaitis (с буквой J). В современной Литве фамилия редкая, но встречается, особенно в историческом регионе Жемайтия. В России и Беларуси её носители — потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, или результат русификации литовских фамилий.

Социальный контекст: фамилии на -айтис в XIX веке были массовыми у крестьян и мелкой шляхты, не имевшей гербов. Аристократия чаще носила фамилии на -ский. Поэтому Жузайтис, скорее всего, указывает на крестьянское или однодворческое происхождение. В советское время, при паспортизации, многие литовские фамилии обрезали или меняли окончание на -ов, но Жузайтис сохранилась в исходном виде — возможно, из-за того, что звучала достаточно «по-русски» и не вызывала подозрений у чиновников.