Фамилия Жылкычиев — редкий для русского уха пример, в котором основа ясно указывает на тюркское происхождение, а суффикс — на обрусение. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ев (фонетический вариант -ов) — стандартный русский патронимический формант, который «пришили» к тюркской основе, когда носителя включали в русскую сословную или административную систему. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Жылкычи.

Корень — жылкы (в тюркских языках, особенно киргизском и казахском, — «лошадь», «конь», чаще в собирательном значении «табун лошадей»). Компонент -чи — очень продуктивный тюркский аффикс, образующий названия профессий или людей по роду занятий (сравните: домбра — домбрачи, «играющий на домбре»; ат — атчи, «конюх»). Таким образом, жылкычи — это буквально «коневод», «табунщик», «человек, работающий с лошадьми».

Фамилия образована по модели, характерной для южных регионов Российской империи и Средней Азии: тюркское профессиональное прозвище (или имя, данное по занятию) + русский фамильный суффикс. В отличие от, скажем, фамилий на -ов от русских прозвищ (Кузнецов), здесь мы видим прямой перенос занятия в фамилию без промежуточного личного имени. Носитель фамилии Жылкычиев — потомок человека, которого в его общине знали прежде всего как коневода.

Географически фамилия тяготеет к ареалу киргизского языка — это Кыргызстан и приграничные районы Казахстана, Узбекистана. В русских метрических книгах XIX века такие фамилии почти не встречаются: они закрепились в основном в советское время, когда тюркские прозвища массово переводили в официальные фамилии. Встречаются варианты написания: Жылкышев (с заменой -чи на -ше — региональный фонетический сдвиг), Жылкыбаев (с компонентом -бай — «богатый конями»).

Однокоренные фамилии — Жылкыбаев, Жылкыбеков, Жылкыулов — все от того же корня «жылкы», но с разными словообразовательными суффиксами. Жылкычиев стоит особняком: это чисто профессиональная фамилия, без добавочных значений «богатства» или «господина». Потомок такого человека мог быть не владельцем табуна, а именно пастухом, объездчиком или конюхом — человеком, для которого лошади были работой, а не только статусом.