Фамилия Зиловколимоницын — редчайший случай в русской ономастике. Она построена по сложной составной модели, нехарактерной для крестьянских и даже дворянских фамилий XVIII–XIX веков. В ней отчетливо видны две части: «Зилов-» и «-колимоницын». Первая часть, скорее всего, происходит от имени Зил — краткой формы от Зиновий (греч. «живущий божественно»). Суффикс -ов- здесь не родовой, а первая половина фамилии, которая позже срослась со второй.

Вторая половина — «колимоницын» — ключ к разгадке. Основа «Колимон» может быть искажением греческого имени Каллимах («прекрасно сражающийся») или диалектного прозвища. Но суффикс -ицын указывает на происхождение от женского прозвища или профессии матери: «Колимоница» — так могли назвать женщину, занимавшуюся каким-то ремеслом, связанным с «колимонами» (возможно, от «колоть» или «молоть»). В русских говорах слово «колимон» могло означать «колотушка», «пест» или даже «мельничный постав» — деталь для измельчения зерна.

Таким образом, фамилия образовалась от прозвища человека, которого звали Зил, а его мать — Колимоница. В документах это могло писаться как «Зилов сын Колимоницын» — то есть «Зил, сын Колимоницы». Со временем две части слились в одну, и получилось Зиловколимоницын. Социально носители такой фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям, причём из мест, где сохранялась традиция называть человека по матери (матрилинейные прозвища) — это встречалось на Русском Севере, в частности в Архангельской и Вологодской губерниях. Фамилия уникальна тем, что в ней застыла целая родословная конструкция: имя деда, отчество отца и прозвище матери — в одном слове.