Фамилия Зилюшина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов), здесь основа неочевидна. Ключ к разгадке — суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Зилюшин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Зилюша.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть имя Зиля (Зилә), которое восходит к арабскому «захид» — «аскет», «благочестивый», или к персидскому «зиля» — «сияющая», «светлая». Уменьшительно-ласкательная форма Зилюша (как Таня — Танюша, Катя — Катюша) легко становилась прозвищем или домашним именем в смешанной русско-татарской среде, особенно в Поволжье и Приуралье. Фамилия Зилюшин (а женская форма — Зилюшина) закрепилась за детьми или женой такого человека.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Зиля в значении «говорун», «болтун» (от диалектного глагола «зилить» — говорить вздор). Однако эта основа не так широко распространена, как тюркское имя, и не даёт такого количества однокоренных фамилий.

Географически фамилия Зилюшина встречается в основном в Удмуртии, Татарстане и соседних регионах — это подтверждает её связь с местным финно-угорским и тюркским населением. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилии на -ин в этих краях часто получали после отмены крепостного права (1861 год) по имени или прозвищу главы семьи.

Таким образом, Зилюшина — это «дочь/жена Зилюши», а сам Зилюша, вероятнее всего, был человеком, носившим ласковое тюркское имя со значением «светлая» или «благочестивая».