Фамилия Зиниткин — редкий пример, в котором основа не лежит на поверхности. В отличие от типичных фамилий на -ин от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь корень не имя, а уменьшительно-ласкательная форма, да ещё и с двойным суффиксом. Разберём по косточкам.

В основе лежит имя Зиня — сокращение от Зиновий (греческое «живущий по-божески»). Но напрямую от Зини к Зиниткину не перейти: в русском языке есть суффикс -итк-, который образует прозвища или вторые уменьшительные формы. Сначала от Зиновия сделали Зиню, потом от Зини — Зинитку (сравните: Ваня — Ванитка, Петя — Петитка). Суффикс -итк- характерен для северных и центральных говоров России, где любили «двойные» уменьшения. Фамилия, таким образом, означает «сын Зинитки» или «потомок того, кого звали Зиниткой».

Это не дворянская фамилия, а типичная крестьянская или мещанская, образованная в среде, где человека в быту называли не полным именем, а ласкательным прозвищем. Фактически Зиниткин — это «Зиновиев» в три шага: от Зиновия к Зине, от Зины к Зинитке, и только потом к фамилии. Такая многоступенчатая модель встречается редко, и это главная особенность фамилии.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке (ныне Кировская область) — именно там суффикс -итк- был особенно продуктивен. Встречается и в старообрядческих семьях: Зиновий было популярно среди староверов, которые часто давали детям «неходовые» имена. Так что предок-Зиниткин мог быть и крестьянином-северянином, и ревнителем старой веры.

В написании фамилия устойчива: двойное -тт- (Зиниткин, а не *Зиникин) сохраняет исходное прозвище Зинитка. Если бы основа была Зиника, суффикс был бы -ин, но здесь именно -итк- + -ин. Единственная возможная путаница — с фамилией Зиниченко (украинский вариант), но Зиниткин — чисто русская форма с характерным северным суффиксом.