Фамилия Зиновонко — редкий пример восточнославянской фамилии, в которой сталкиваются две разные модели образования. На слух она звучит как типичная украинская или белорусская фамилия на -онко, но её основа заставляет задуматься. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Зиновенко, где корень — от крестильного имени Зиновий (из греческого «Зенобиос» — «жизнь, данная Зевсом»). Суффикс -онко (как и -енко) в украинской традиции означает «маленький», «сын» или «потомок»: Зиновонко — буквально «сын Зиновия» или «потомок Зиновья». Однако написание через «о» вместо ожидаемого «е» — неслучайно.

В украинских говорах, особенно в центральных и южных регионах, под ударением после шипящих и мягких согласных «е» могло переходить в «о»: Зиновенко → Зиновонко. Это фонетическое явление, которое закрепилось в письменной форме. Но есть и вторая версия: фамилия могла образоваться не от имени Зиновий, а от прозвища Зиновон — так могли назвать человека, который постоянно зевал или ныл (от диалектного «зиновать» — зевать, скулить). В таком случае суффикс -к-о указывает на прозвище, перешедшее в фамилию: «тот, кто зиновонит». Эта версия менее вероятна, потому что прозвищный корень «зинов-» в значении «зевать» встречается редко и не дал массовых фамилий.

Географически фамилия Зиновонко почти не встречается за пределами Украины. В реестрах казацкой старшины и мещан XVII–XVIII веков похожие формы (Зиновенко, Зиновонко) фиксируются на Полтавщине и Черниговщине — в зоне активного бытования фамилий на -енко. Если предки носителя были казаками или крестьянами, фамилия указывала на принадлежность к роду, основатель которого носил имя Зиновий. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинская модель на -онко не застыла в сословном смысле: её носили и реестровые казаки, и мещане, и позже крестьяне.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зиновьев, Зинович, Зиновенко — показывает, что Зиновонко стоит особняком. Если Зиновьев — чисто русская патронимическая фамилия (чей? — Зиновьев сын), а Зинович — белорусская или польская, то Зиновонко — украинский вариант с характерным фонетическим сдвигом. В современных документах фамилия встречается крайне редко, что делает её ценной для генеалогии: каждый носитель — потенциальный потомок узкой локальной ветви, а не массового рода.