Фамилия Зинштейн — одна из тех, что сразу указывает на географию и этническое происхождение: это ашкеназская фамилия, сложенная из двух немецких корней. Верхненемецкое «Stein» означает «камень», а первая часть восходит к личному имени Зинд (Zind) или, что вероятнее, к топониму Зинн (Sinn) — так называется река в Баварии и несколько населённых пунктов в Германии. Таким образом, буквальный перевод — «камень из Зинна» или «Зиндов камень». Модель типична для немецкоязычного еврейского ономастикона XVIII–XIX веков, когда фамилии часто давали по месту жительства или по характерному признаку ландшафта.

Словообразовательный каркас прост: основа «Зин» плюс «штейн» — без суффиксов, что редкость для славянских фамилий, но норма для немецких. Если бы фамилия возникла в польском или украинском контексте, она, скорее всего, получила бы окончание -ский или -ович, но Зинштейн остался «чистым» композитом. В Российской империи, куда носители фамилии попали в результате миграций из германских земель, написание и произношение устоялись без изменений — в отличие, например, от фамилии Зингер, которую иногда русифицировали.

Споров вокруг этимологии почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с идишским словом «зин» (сын), но она слаба: тогда фамилия означала бы «сыновний камень», что лишено логики. Правдоподобнее считать, что Зинштейн — вариант топонимической фамилии, аналогичной Зиндбах, Зиндберг или Зиндлер. Встречается она в основном у еврейских семей из Восточной Пруссии, Галиции и Волыни; после эмиграции конца XIX — начала XX века — в США, Аргентине и Израиле.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, о которых можно было бы сказать уверенно, но в метрических книгах Одессы, Киева и Варшавы конца XIX века Зинштейны фигурируют как ремесленники, торговцы и аптекари — типичные городские профессии, не требовавшие переезда в черту оседлости. Фамилия не звучит как аристократическая или крестьянская; её носители — городские жители, часто с хорошим образованием, что подтверждается и современными данными: среди Зинштейнов немало врачей, инженеров и учёных.