Фамилия Зитковский — один из тех случаев, когда внешне славянская форма скрывает корень, который может быть как географическим, так и прозвищным, причем не обязательно восточнославянским. Модель на -ский характерна для польской, белорусской, украинской и еврейской (ашкеназской) ономастики. В польском языке суффикс -ский (-ski) указывает на происхождение из какого-либо места или на принадлежность к шляхетскому сословию, хотя со временем он стал массовым и утратил сословную окраску.

Основа фамилии — «Зитк-». Самое прямое объяснение лежит на поверхности: это вариант фамилии Зитковский, где корень восходит к польскому слову «zitko» или «żytko» — уменьшительной форме от «żyto» (рожь). В польских говорах «zitko» могло означать «рожь», «жито» или, в переносном смысле, «поле, засеянное рожью». Соответственно, Зитковский — это «тот, кто родом из места, где сеют рожь», или «владелец ржаного поля». Такие прозвища часто давали крестьянам или мелкой шляхте по их земельному наделу.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с еврейским происхождением. В еврейской среде фамилии на -ский нередко образовывались от названий местечек. Существует населённый пункт Житковичи (Żytkowicze) в Беларуси, а также похожие топонимы в Польше — например, Житкув (Żytków). Фамилия Зитковский могла возникнуть как вариант произношения или записи фамилии Житковский (через «З» вместо «Ж»), что часто случалось при переходе из польской или белорусской традиции в русскую канцелярию. В таком случае предок носителя фамилии мог быть выходцем из Житковичей или окрестностей.

Третья, более редкая гипотеза отсылает к немецкому или идишскому корню «zit» (сладкий, нежный) или к личному имени Зитко (Sitko) — уменьшительной форме от имени Зигфрид или Зигмунд. Но эта версия менее правдоподобна, так как фамилия с таким окончанием почти всегда указывает на славянскую или балтийскую языковую среду.

Географически фамилия Зитковский встречается в основном на территории бывшей Речи Посполитой — в Польше, Беларуси, Украине, а также среди потомков эмигрантов в США и Израиле. В России она редка и чаще всего принадлежит потомкам переселенцев из западных губерний.

Таким образом, скорее всего, Зитковский — это либо «ржаной» топонимик (от жита), либо адаптированная форма названия местечка. В любом случае, фамилия говорит о крестьянских или мелкошляхетских корнях, а её написание через «З» — результат местного произношения или канцелярской ошибки.