Фамилия Злодюгина — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности, но её трактовка сложнее, чем кажется. Вопреки ожиданиям, она не обязательно связана с криминалом или злодейством. Скорее всего, в основе лежит древнерусское слово «злодюга» — так в народе называли не преступника, а злого, сварливого, неуживчивого человека, скрягу или брюзгу. Суффикс -юг- в этом слове имеет усилительное, увеличительное значение (как в «зверюга», «ворюга»), поэтому «злодюга» — это «очень злой человек», но в бытовом, а не уголовном смысле.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Злодюга плюс патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность к роду («чей?» — Злодюгин). Женская форма Злодюгина — это вариант от мужской Злодюгин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где суффикс -ин преобладал над -ов. Встретить Злодюгиных можно в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Поволжье — там, где сохранились старые переписи и бытовая ономастика.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и как охранительное имя. В крестьянской среде детей иногда нарекали прозвищами с отрицательным значением, чтобы отогнать злых духов: мол, «злодюга» — и нечисть не позарится. В таком случае предок носителя фамилии был вовсе не сварливым, а просто получил имя-оберег. Однако эта версия менее вероятна, так как охранительные имена обычно давали в детстве (Злоба, Негодяй), а прозвище Злодюга — взрослое, закреплённое за характером.

Слово «злодюга» не вошло в литературный язык, но фиксируется в диалектных словарях (например, в архангельских говорах). Это ещё одно подтверждение, что фамилия не выдумана, а вышла из живой народной речи. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Известные носители — единичные персоны, не попавшие в энциклопедии, что делает фамилию ценной для локальной генеалогии.