Фамилия Злодюшкин — редкий пример, где корень «злод-» не связан напрямую с уголовным миром, хотя первое впечатление именно такое. В основе лежит не «злодей», а диалектное слово «злодюшка» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли не преступника, а сварливого, язвительного или вредного человека, склонного к мелким пакостям. По сути, это характеристика характера, а не криминальное прошлое предка.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Суффикс -юшк- (как в «батюшка», «матушка») придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный или даже ласкательный оттенок. То есть «злодюшка» — это не «злодей в серьёзном смысле», а скорее «злюка», «вреднюга». Фамилия образована напрямую от этого прозвища с помощью патронимического суффикса -ин: Злодюшкин — «чей?» — сын или потомок Злодюшки. Такой тип фамилий (на -ин) характерен для северных и центральных областей России, хотя сама основа южнорусская.

В отличие от фамилий вроде Злодеев или Злодинских, которые звучат громко и однозначно, Злодюшкин сохраняет бытовой, почти деревенский оттенок. В XIX веке носитель такой фамилии мог быть крестьянином или мещанином, получившим прозвище за неуживчивый нрав, но не за преступления. В документах эта фамилия встречается крайне редко — в основном в южных губерниях (Воронежская, Курская, Харьковская), что подтверждает диалектное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Злодюгин (от «злодюга») и Злодейкин — все они образованы от разных степеней одного корня, но Злодюшкин стоит особняком из-за суффикса -юшк-, который смягчает значение. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют эту фамилию отдельно, но модель «прозвище + -ин» описана подробно. Споров о происхождении нет: основная версия — от сварливого прозвища — единственная правдоподобная, и пытаться вывести её из «злодей» было бы натяжкой.