Фамилия Злопупенец — яркий пример прозвищной фамилии, где за неблагозвучной основой стоит не оскорбление, а бытовая наблюдательность. В её основе — составное прозвище, которое можно разобрать на две части: «зло-» (в значении «злой, дурной, нехороший») и «пуп» (или «пупец»). В русских говорах «пуп» — это не только часть тела, но и пуповина, а также «пупок» как нечто выпуклое, центр. Однако в данном случае, скорее всего, прозвище Злопупенец давали человеку, у которого была какая-то неприятная особенность в области живота — например, грыжа, незаживающая рана или просто торчащий пупок. В народной медицине «злой пуп» означал болезненное состояние, связанное с пуповиной или животом, которое лечили знахари.

Словообразовательная модель — суффикс -енец, типичный для украинских и южнорусских фамилий. Он указывает на принадлежность к чему-то или происхождение: «тот, кто связан с тем, что названо в корне». В украинском языке этот суффикс особенно распространён (ср. Золотаре́нец, Хмельни́ченко). Таким образом, Злопупенец — это не «злой пуп» сам по себе, а «человек, имеющий отношение к злому пупу»: либо тот, кто страдал этой хворью, либо, реже, знахарь, который её лечил. Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в говорах «пупец» могло быть уменьшительным от «пуп» с оттенком несерьёзности.

Географически фамилия редкая и, по данным современных открытых источников, встречается преимущественно на западе Украины (Волынская, Ровенская области). Это согласуется с суффиксом -енец: в Великороссии такое прозвище скорее получило бы окончание -ов (Злопупов) или -ин (Злопупин). Украинская форма сохранила архаичную, почти былинную конструкцию.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Злопупов, Пупов, Пупков) показывает, что Злопупенец стоит особняком: у него нет уменьшительно-ласкательного суффикса (как в Пупков) и нет простого притяжательного окончания. Это «прозвище в чистом виде», застывшее в форме существительного с суффиксом лица. Носитель этой фамилии в XVII–XVIII веках, вероятно, был крестьянином или казаком, которого в селе знали по заметной физической особенности — и прозвище закрепилось за родом без смягчения, как и было дано.