Фамилия Знаюненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на Левобережной Украине и означал «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -енко исторически указывали на прямое родство: Знаюненко — буквально «сын Знаюна».

Основа фамилии — прозвище Знаюн. Оно восходит к глаголу «знать» и, скорее всего, относилось к человеку, который много знал, был сведущ в каком-то деле, возможно, знахарь, ведун или просто сметливый и осведомлённый человек. В украинских говорах «знаюн» могло иметь ироничный оттенок — «всезнайка», но чаще это было уважительное прозвище для знатока, умельца или колдуна. В русских говорах встречается слово «знаюн» в значении «знаток, сведущий человек», что подтверждает общеславянский контекст.

Фамилия редкая, её география тяготеет к южным и центральным областям Украины, откуда она могла распространиться в Россию в ходе миграций XIX–XX веков. Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует эту фамилию, что говорит о её локальном характере и малой распространённости. Встречаются варианты написания: Знаюненко, Знаюнко (с усечением суффикса) и, возможно, Знаюнов — результат русификации на территории России.

Особенность фамилии в том, что её корень — не имя, не профессия, а характеристика ума и знаний. Предки носителя фамилии, вероятно, были не ремесленниками или крестьянами с топонимическим прозвищем, а людьми, которых в сообществе выделяли за осведомлённость, опыт или даже мистические способности. В условиях украинского казачества или сельской общины такой «знаюн» мог быть знахарем, пасечником, знатоком трав или просто мудрым советчиком.