Фамилия Зооканов — редкий случай в русской ономастике, где основа читается не по-русски, а оформлена типично русским суффиксом -ов. Это сразу указывает на её искусственное или позднее происхождение: в крестьянской или мещанской среде фамилии с такой экзотической основой почти не встречались.

Скорее всего, в основе лежит греческое слово ζώο (зоо) — «животное». Но напрямую прозвище «Зоокан» маловероятно: в русских говорах не было такого слова. Поэтому версия с фамилией, образованной от названия должности или сана, выглядит убедительнее. В тюркских языках есть титул «зокан» (вариант «зока» — начальник, глава), который мог попасть в русскую среду через дипломатические или торговые контакты с Кавказом и Средней Азией. Тогда Зооканов — потомок человека, носившего прозвище или чин Зокан, а окончание -ов просто русифицировало фамилию.

Есть ещё одна, более прозаичная версия. В некоторых русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «зоокать» означало издавать нечленораздельные звуки, мычать. Отсюда могло возникнуть прозвище Зоокан для неразговорчивого или косноязычного человека. Но эта гипотеза слабая: глагол редкий, а фамилии на -канов обычно тяготеют к тюркским корням (ср. Зюканов, Зябликов — там основа прозрачна, а здесь нет).

Географически фамилия Зооканов привязана к регионам с сильным тюркским и кавказским влиянием — встречается в документах по Астраханской области, Дагестану и Ставрополью. Это подтверждает первую версию: фамилия могла возникнуть у русских, служивших в администрации или торговавших с горскими народами, где титул «зокан» был в ходу. Сословно — скорее всего, мещанская или купеческая, реже — однодворческая.

В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Смирнов, Зооканов не имеет однозначной славянской этимологии. Это пример фамилии-гибрида, где русский суффикс наложился на иноязычную основу, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических изысканий.