Фамилия Зопунян — яркий пример армянской модели фамилии, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический суффикс в армянских фамилиях, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок». В русской традиции он часто передаётся как -ян, реже -ов. Таким образом, Зопунян — это «из рода Зопуна» или «сын Зопуна».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Зопун. В армянском языке слово «зопун» (զոպուն) имеет несколько значений, и самое вероятное — «быстрый», «проворный», «ловкий». Это прозвище могли дать человеку с живым характером, скорому на ногу или на руку. В диалектах восточной Армении встречается и другое значение — «упрямый», «своенравный», что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее распространённая, но возможная версия связывает Зопун с растением зопник (в армянском произношении близком к «зопун»). В таком случае прозвище мог получить травник, знахарь или просто человек, живший в местности, где этого растения было много. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от названий трав в армянской ономастике встречаются реже, чем от личных качеств.

Фамилия Зопунян распространена преимущественно в Армении и в армянских диаспорах России, США и Франции. Внутри Армении её чаще можно встретить в областях Сюник и Гегаркуник, а также в Ереване. География подсказывает, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из южных или восточных регионов исторической Армении, где диалектное слово «зопун» было в ходу.

С точки зрения социальной истории, фамилии на -ян не указывают на сословие — их носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Поэтому предки Зопунянов могли быть кем угодно: от земледельца до купца. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия сложилась не раньше XVII–XVIII веков, когда армянские фамилии начали массово закрепляться, и не позже начала XX века, когда многие армяне получили фамилии при советской паспортизации.