Фамилия Зотоап — редкий случай, когда написание почти полностью расходится с произношением. Если произнести её вслух, становится ясно: перед нами «Затоп» или «Зотоп». Буква «а» в середине — результат исторической или диалектной замены звука, а финальное «п» вместо ожидаемого «в» указывает на глухую огласовку, характерную для северных и сибирских говоров. В основе фамилии лежит не имя и не прозвище, а топографическое описание — «за топью». Предок получил прозвание Затоп, то есть живущий за болотом, за топким местом. Такие «за-» прозвища (Зарека, Забор, Залужье) в XVI–XVII веках были распространены в Поморье и на Урале, где селились беглые крестьяне и старообрядцы, осваивавшие глухие земли.

Суффикса -ов в фамилии нет, что нетипично для русских фамилий. Окончание «-ап» — это искажённое «-ов» в результате аканья: в безударной позиции «о» перешло в «а», а конечное «в» оглушилось до «п». То есть исходная форма — Затопов, но в устной речи и при записи в метрических книгах XVIII–XIX веков закрепился вариант Зотоап. Аналогичные примеры: фамилия Козопап (из Козопопов) или Сазопап (из Сазопопов). Такие написания — маркер низкой грамотности писарей и диалектной среды.

Географически фамилия Зотоап тяготеет к Архангельской и Вологодской губерниям, а также к бассейну Северной Двины. В переписях XIX века единичные носители встречаются в Холмогорском уезде и в Заонежье. Прозвище Затоп могло закрепиться за первопоселенцем, чей дом стоял за болотистой низиной, что для северных деревень — обычная примета. Род занятий предков, скорее всего, был связан с земледелием или лесными промыслами, но точных данных о сословной принадлежности нет — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Зотоап ошибочно связывают с греческим именем Зотик (Зот), но тогда фамилия выглядела бы как Зотов, а не Зотоап. Фонетически нестыковка очевидна. Ещё реже встречается гипотеза о тюркском корне — она ничем не подтверждена. Правдоподобнее всего остаётся «затопная» версия: она объясняет и написание, и диалектные черты, и географию бытования.