Фамилия Зойнэ — редкая и сразу обращает на себя внимание нехарактерным для русской ономастики окончанием. Если бы мы искали её в привычном ряду «Иванов — Петров — Смирнов», то не нашли бы: суффикса -ов, -ин или -ский здесь нет. Это прямой намёк на то, что фамилия невеликорусского происхождения, а появилась в русском контексте через переселение или запись на слух.

Наиболее вероятный источник — румынское или молдавское слово zâna, что означает «фея» или «нимфа». В молдавском языке под ударением это звучало бы как «зына», но при адаптации в русской среде гласный мог измениться на «ой». Фамилия Зойнэ могла быть прозвищем: так могли назвать красивую, воздушную женщину или, напротив, с иронией — капризную, своенравную девушку. В пользу этой версии говорит и то, что в Бессарабии (историческая область, где переплелись молдавские и украинские фамилии) встречаются аналогичные образования с тем же корнем — Зоинэ, Зоница.

Вторая гипотеза, более прозаическая, связывает фамилию с именем Зоя. В некоторых южнославянских и румынских говорах имя могло произноситься с носовым призвуком, который на письме передавали как «зойнэ». Тогда фамилия — патроним, указывающий на родство с человеком по имени Зоя. Форма без суффикса (просто «Зойнэ») характерна для тех регионов, где фамилии часто закреплялись в виде прозвища или имени в неизменной форме — так делали, например, у гуцулов или в Молдове.

Географически фамилия тяготеет к западной и юго-западной частям бывшей Российской империи: Молдавии, Бессарабии, отчасти Галиции. В дореволюционных метрических книгах и списках переселенцев она почти не встречается, что подтверждает её локальный и неширокий характер. Носители фамилии Зойнэ — скорее всего, потомки крестьян или мещан, которые получили фамилию при административном учёте в XIX веке, когда писарь записывал прозвище так, как слышал.

С точки зрения словообразования, это пример так называемой «немотивированной» фамилии — то есть такой, где основа не имеет очевидной русской внутренней формы. Именно это и делает её ценной для этимолога: она хранит следы языкового контакта, диалектного произношения или местной традиции именования, которые в центральной России уже стёрлись.