Фамилия Зукдинов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она образована по стандартной русской модели: к основе Зукдин- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зукдина). В таком виде фамилия закрепилась в русской среде, вероятно, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу.

Сам корень Зукд- — не русский и не славянский. Скорее всего, он восходит к тюркским языкам, распространённым в Поволжье, на Урале или в Казахстане. Наиболее правдоподобная версия связывает его с татарским или башкирским словом «зук» (в диалектах — «толстый», «полный», «грузный»). Тогда Зукдин — это прозвище человека плотного телосложения, которое впоследствии стало основой для фамилии. Менее вероятна, но возможна связь с арабским «зукд» (благочестие, аскетизм) — через исламские имена или прозвища, хотя для такого корня типичнее форма Зукдиев.

Географически фамилия Зукдинов встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, что подтверждает её тюркские корни. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании в среде крестьян и мещан. Суффикс -ов вместо -ин (ожидаемого от основы на -д) — ещё одна деталь: в русской адаптации тюркских фамилий -ов часто вытеснял -ин, хотя по правилам от слов на -д, -т правильнее -ин. Это указывает на то, что фамилию записывали «на слух» чиновники, не углубляясь в грамматику.

Однокоренные варианты — Зукдин, Зукдиев, Зукдинов — встречаются редко, что делает фамилию Зукдинов почти уникальной. Носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких семей татарского или башкирского происхождения, перешедших на русский язык.