Фамилия Зухубая — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение иное, чем у большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский. В основе лежит грузинская фамилия Зухубая (ზუხუბაია), которая, в свою очередь, образована от имени или прозвища. Ключевой элемент — суффикс -ая, характерный для мегрельских фамилий (регион Западной Грузии). В мегрельском языке этот суффикс указывает на принадлежность к роду, часто в значении «из семьи такого-то».

Корень «Зуху-» (ზუხუ) вызывает споры. По одной версии, он восходит к древнегрузинскому слову «зуха» (ზუხა) — «свеча» или «светильник». В таком случае фамилия могла означать «свечной мастер» или «тот, кто делает свечи» — ремесленная профессия, распространённая в церковной среде. По другой версии, «зуху» — вариант имени Зураб (сокращение или диалектная форма), и фамилия означает «потомок Зураба». Третья гипотеза связывает корень с топонимом: в Грузии есть село Зухури, и фамилия могла указывать на выходца оттуда.

В русское языковое поле фамилия попала через паспортную русификацию. В XIX–XX веках грузинские фамилии нередко записывали без изменений, но с сохранением окончания -ая. Встречается и вариант Зухубай, где конечный гласный отпал под влиянием русского произношения. Географически носители фамилии сконцентрированы в Абхазии и Западной Грузии, а в России — в Краснодарском крае и Москве (потомки переселенцев 1990-х годов).

С социальной точки зрения, Зухубая — фамилия, не дающая сословных подсказок. Среди носителей были и крестьяне, и священники, и князья (в Мегрелии существовал княжеский род Зухубая). Точное происхождение конкретной ветви можно установить только по семейным архивам или записям в церковных книгах Западной Грузии, которые велись на грузинском и русском языках.