Фамилия Зулкайдаев — одна из тех, что сразу выдают географию и этническое происхождение носителя. Она тюркская, точнее — башкирская или татарская, с возможным распространением у казахов. Основа фамилии — мужское имя Зулкайда, которое, в свою очередь, восходит к арабскому Зуль-Каада (Зу-ль-Каада). Это название одиннадцатого месяца мусульманского лунного календаря, месяца покоя и стоянок (дословно «обладатель сидения» или «владыка покоя»). В исламской традиции в этот месяц запрещались военные походы, отсюда и смысл имени.

Модель образования типична для русского делопроизводства XIX века: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получается «сын Зулкайды». Такую форму фиксировали при переписях и метрических записях у башкир и татар, когда те получали фамилии по отцу. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что основа имени оканчивается на согласный звук (в данном случае — на «й»).

Корень имени — «каада» (сидение, покой) — встречается и в других арабских заимствованиях, но в фамилиях, производных от названий месяцев, он редок. Это отличает Зулкайдаева от, скажем, Рамазановых или Мухаррамовых. Имя Зулкайда не было широко распространено, поэтому и фамилия встречается нечасто. Скорее всего, предок носителя родился именно в этом месяце, и имя дали ему в честь времени года, что было обычной практикой у мусульманских народов.

В сословном отношении предки Зулкайдаевых, вероятнее всего, были башкирами-вотчинниками или государственными крестьянами из татарских деревень. Дворянских корней у этой фамилии нет — она появилась поздно, в среде, где фамилии закреплялись массово только во второй половине XIX века. Если искать однокоренные варианты, то встретятся Зулкайдаров (с другим суффиксом) или просто Зулкайдов — но это уже результат искажений при записи.