Фамилия Зунин образована по типичной для русских фамилий модели: к основе «Зун» добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зуна). Такие фамилии в XVI–XVII веках в основном складывались в среде крестьян, посадских людей и служилых, когда отчество постепенно закреплялось за потомками и переставало меняться.

Сложность в том, что основа «Зун» в русских говорах неоднозначна. Самое прямое объяснение — от прозвища Зун. В диалектах, особенно на юге и юго-западе России, «зун» или «зуна» могло значить «ворчун», «брюзга» или «нытик». Человека с таким характером и прозвали бы Зуном, а его детей — Зуниными. В этом смысле фамилия — не про профессию, а про поведение, и это одна из самых частых причин появления прозвищных фамилий.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным глаголом «зунить» (дразнить, язвить, насмехаться). В таком случае Зуном называли задиру или острослова. Оба значения лежат в одной смысловой плоскости: фамилия не указывает на ремесло или место, а характеризует личность основателя рода.

Встречаются и попытки вывести фамилию от тюркского корня (например, от «зун» — «плохой, скверный»). Это возможно, если предки жили в зоне контакта с тюркскими народами (Поволжье, Приуралье), но для центральной России такая версия менее вероятна. Словарь Б. Унбегауна не выделяет Зунин как фамилию явно иноязычного происхождения, что косвенно говорит в пользу славянской диалектной основы.

Географически фамилия редкая и не образует крупных гнёзд. Чаще всего Зунины встречаются в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — то есть в регионах, где сохранились южнорусские говоры и где слово «зун» могло быть в ходу. Встречается она и на Урале, но там её появление, скорее всего, связано с переселением крестьян в XVIII–XIX веках.

Социально носители фамилии Зунин в ревизских сказках и метрических книгах XIX века фигурируют как государственные крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это не делает её «простой» или «неинтересной» — наоборот, она сохранила прямой отпечаток живого народного языка, который в официальных документах почти не встречается.