Фамилия Зунузина — женская форма фамилии Зунузин, и её происхождение неочевидно даже для специалистов по русской ономастике. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов), основа «Зунуз-» не встречается ни в церковных святцах, ни в распространённых прозвищах. Это указывает на то, что корень фамилии, скорее всего, тюркский или арабский.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Зунун (или Зуннун), которое в переводе означает «обладатель рыбы» или «владыка кита». Это имя носил известный исламский мистик, египтянин Зу-н-Нун аль-Мисри (IX век). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, это имя могло трансформироваться в Зунун, а затем, при добавлении русского суффикса принадлежности -ин, дать фамилию Зунузин. Суффикс -ин в данном случае работает по той же модели, что и в фамилии Пушкин: указывает на принадлежность к роду человека по имени Зунун. Таким образом, Зунузины — это потомки некоего Зунуна, предка, носившего это редкое арабское имя.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от диалектного тюркского слова «зунуз» (или «зунус»), которое в некоторых говорах могло означать «упрямец», «своенравный» или «обидчивый». В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище, данное человеку с тяжёлым характером. Однако, учитывая, что арабское имя Зунун фиксируется в мусульманских метрических книгах Поволжья и Приуралья, первая версия выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Зунузина (и Зунузин) встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане и в Оренбургской области — регионах с сильным татарским и башкирским населением. Это косвенно подтверждает её восточное происхождение. В центральной России фамилия практически не встречается, что делает её ярким маркером региона.

Особенность написания — буква «З» в начале и окончание на -ина — подчёркивает, что это женская форма. В мужском варианте (Зунузин) ударение, скорее всего, падает на последний слог: Зунузи́н. Фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родов, восходящих к одному предку, жившему не позднее XVIII века.