Фамилия Зупкайтис — яркий пример литовской антропонимической модели, которая почти без изменений вошла в русский обиход. Её сразу выдают суффиксы -айт- и -ис: это типичный литовский патронимический формант, указывающий на происхождение от отца или предка. Буквально Зупкайтис означает «сын (или потомок) Зупки». В основе лежит личное прозвище или уменьшительное имя Зупка.

Корень здесь — «зуп-». В литовском языке župė (жмудь) или žiupti (хватать, брать) дают небогатый выбор значений. Правдоподобнее всего, что Зупка — прозвище от слова župas (губа, рот) или от žioplys (ротозей, разиня). В таком случае фамилия могла закрепиться за человеком с заметными губами или за нерасторопным, рассеянным человеком. Менее вероятна связь с žuvis (рыба) — тогда прозвище относилось бы к рыбаку или торговцу рыбой, но фонетически переход сложнее.

Географически фамилия Зупкайтис тяготеет к северо-восточной Литве и к пограничью с Латвией, где часты фамилии на -айтис. В России и Беларуси эта фамилия встречается редко, обычно у потомков литовских переселенцев XIX — начала XX века, которые переезжали в Сибирь, на Дальний Восток или в Прибалтику в советское время. В польских записях XIX века можно встретить вариант Zupkajtis — с сохранением литовского написания.

Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, она не даёт прямой привязки к дворянскому или крестьянскому сословию. В Литве патронимы на -айтис носили все слои населения, но чаще — крестьяне и мещане. В русских документах фамилия могла записываться через «о» (Зопкайтис) или с усечением окончания (Зупкайт), но стандартная форма закрепилась именно с -ис.