Фамилия Зузкина — нечастая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь её стоит рассматривать в контексте ашкеназских еврейских фамилий. Основа здесь, скорее всего, — мужское имя Зискинд, которое буквально переводится как «милый ребенок». Такое имя в еврейской традиции могли дать долгожданному, вымоленному сыну. Фамилию образовали по модели с формантом -ин, который в славянской среде присоединяли к основам на -а/-я, и в результате имя Зискинд трансформировалось в Зузкин, а затем и в женскую форму Зузкина. Для ашкеназских фамилий характерны и другие суффиксы (например, -зон, -ман, -кинд), но здесь сработала адаптация к русской словообразовательной системе.

Есть и альтернативная версия, хотя она менее убедительна. Согласно ей, фамилия произошла от прозвища Зузка, которое связывают со старолитовским глаголом zuzti — «жужжать», «гудеть». В таком случае прозвище могло закрепиться за говорливым человеком или обладателем звонкого голоса. Третья гипотеза отсылает к русскому диалектному слову «зюзя» — «плакса, рева». Если это так, то Зузкой в быту называли капризного ребёнка. Однако обе эти версии сталкиваются с трудностью: фамилия Зузкина практически не встречается в исторических русских документах и не имеет широкой географической привязки к славянским регионам, что делает версию о еврейском имени Зискинд основной.