Фамилия Зюптец — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — «Зюпт» — не имеет ни славянских, ни тюркских корней, зато почти дословно совпадает с названием немецкого города Зюпт (Süpt), входящего сегодня в состав района Остпригниц-Руппин в земле Бранденбург. В этом случае фамилия указывает не на прозвище, а на место выхода предка: переселенца, который в XVIII–XIX веках перебрался из немецких земель на восток, в том числе в Российскую империю.

Формант «-ец» — типичный для восточнославянских фамилий суффикс, обозначающий принадлежность к месту: «тот, кто родом из Зюпта». Аналогично образованы фамилии вроде Львовец, Ржевец или Тернополец. В отличие от распространённых суффиксов «-ов» или «-ин», «-ец» встречается реже и часто сохраняет прозрачную связь с топонимом. Если бы фамилия закрепилась в немецком языке, она выглядела бы как Süptzer или Süptz, но в русской среде её переоформили по привычной модели.

Версия о происхождении от прозвища «Зюпт» — например, от диалектного глагола со значением «сосатъ» или «хлебать» (в некоторых говорах «зюпать») — выглядит менее убедительной. Во-первых, в русских говорах такое слово не зафиксировано как устойчивое прозвище. Во-вторых, фамилии с подобной звуковой основой (Зюпкин, Зюпкинс) — единичны и тяготеют к прибалтийско-немецкому ареалу. Поэтому версия с топонимом предпочтительнее: она объясняет и редкость фамилии, и её необычный для славянского слуха корень.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Зюптец почти не встречается — это ещё одно подтверждение её позднего и локального закрепления. Скорее всего, она оформилась уже в XIX веке у потомков немецких колонистов, обрусевших и перешедших в православие. Носители фамилии могли жить в Поволжье, Новороссии или на Волыни — в тех регионах, куда активно приглашали переселенцев из германских земель. Сословной принадлежности угадать нельзя: среди колонистов были и крестьяне, и ремесленники, и мелкие торговцы.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт мало: в России известны единичные Зюптевы и Зюпкины, но все они — поздние варианты, возникшие независимо. Фамилия Зюптец стоит особняком: её уникальность в том, что она сохранила не только исходный топоним, но и прозрачную словообразовательную форму, которая сразу выдаёт «чужого», ставшего своим.