Фамилия Зюзюка — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось при переходе в фамилию. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Перед нами застывшая форма прозвища или, что вероятнее, украинская фамилия, образованная по модели «чистая основа» (как Губа, Шевченко, Лысенко). В украинской ономастике такие фамилии на -а, -юка встречаются часто, и ударение в них обычно падает на последний слог: Зюзюка́.

Основа — слово «зюзюка». В русских и украинских говорах так называли неряху, чумазого человека, неопрятного ребёнка. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «зюзюкать» — шепелявить, картавить, невнятно говорить. Отсюда прозвище могло перейти на человека с дефектом речи, который «зюзюкал» вместо того, чтобы говорить чётко. Вторая версия — звукоподражательная: «зю-зю» имитирует бормотание или шёпот. Так могли прозвать молчуна или того, кто постоянно бурчит себе под нос.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям: Украина, Беларусь, приграничные регионы России. Встречается в единичных записях XIX века среди крестьян Черниговской и Киевской губерний. Сословно — однозначно простонародная: прозвища такого типа давали в среде крестьян и мещан, где внешность или манера речи служили главным отличительным признаком человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зюзин, Зюзюкин, Зюзюлев — показывает, что большинство из них русифицировались с помощью суффиксов. Зюзюка осталась архаичной, не адаптированной к великорусской модели. Это делает её маркером конкретного диалектного ареала и, возможно, более древней фиксации прозвища в документах.