Фамилия Зызыцин — редкая и на первый взгляд необычная. Её ядро — основа «зызык-» или «зызыц-», которая роднит её с целым кустом южнорусских и украинских фамилий: Зыза, Зызин, Зызыкин, Зызыка. Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Зыза, которое в диалектах означало «плакса», «нытик», «капризный ребёнок». В курских и орловских говорах «зызой» называли человека с гнусавым голосом или того, кто постоянно хнычет. Суффикс «-ин» — типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я. Значит, Зызыцин — это «сын Зызы», потомок человека, получившего такое прозвище.

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза связывает «зызу» со звукоподражательным «зы-зы» — так передавали жужжание или надоедливый звук. В этом случае прозвище могли дать человеку, который постоянно бормотал, ныл или говорил невнятно. В любом случае, корень не тюркский и не заимствованный — он чисто славянский, диалектный, что подтверждается его бытованием в центральных и южных областях России.

Сама фамилия Зызыцин — двойная производная: сначала от «Зыза» образовали вариант «Зызыка» (с уменьшительным или пренебрежительным суффиксом -ык-), а затем от него — фамилию. Это не самый частый путь: обычно фамилии на -ин образуются напрямую от прозвища. Двойной суффикс — дополнительная деталь, указывающая на то, что прозвище закрепилось в форме «Зызыка» ещё до того, как стало фамилией. Встречается она в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, что совпадает с ареалом диалектного слова «зыза».

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или однодворческой — в этих регионах такие фамилии не носили дворяне. Известных исторических личностей с фамилией Зызыцин не зафиксировано, что делает её типичным примером «гнездовой» фамилии, сохранившейся в пределах нескольких сёл и хуторов.