Фамилия Абуняева — женская форма от Абуняев, и её редкость сразу бросается в глаза. В русском ономастиконе она стоит особняком, потому что её основа не славянская, а тюркская или арабо-персидская, и образована она по модели, которая встречается нечасто.

Корень фамилии — «Абуня». Скорее всего, это вариант имени Абуня, которое восходит к арабскому «Абу» (отец) и тюркскому уменьшительному суффиксу -ня. В тюркских языках «Абуня» могло быть ласкательной формой имени Абубакир или Абуали — то есть «отец» (в переносном смысле — уважаемый, старший). Другая версия, менее вероятная, но возможная: «Абуня» — это русифицированное башкирское или татарское имя, где -ня указывает на нечто маленькое или близкое (как в именах Ваня, Таня). В любом случае, основа указывает на восточное происхождение — скорее всего, из среды татар, башкир или народов Кавказа.

Суффикс -ев в фамилии Абуняев — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -я. Он означает «сын Абуни». То есть фамилия возникла в среде, где тюркское или мусульманское имя адаптировали под русскую модель: Абуня → Абуняев → Абуняева.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками жили татары и башкиры, а русские фамилии на -ев нередко давали по отцу, носившему тюркское имя. Встречается она и на Северном Кавказе, но реже. По сословному происхождению предки Абуняевых могли быть крестьянами или мещанами из татарских слобод, хотя точных данных нет — фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Абубакиров, Абушев, Абуев — у них та же основа «Абу», но с разными суффиксами. Абуняева выделяется именно уменьшительным -ня, что делает её более «домашней» по звучанию: это не просто «сын Абу», а «сын Абуни» — то есть человека, которого называли ласково или по-свойски.