Фамилия Абуняева — женская форма от Абуняев, и её редкость сразу бросается в глаза. В русском ономастиконе она стоит особняком, потому что её основа не славянская, а тюркская или арабо-персидская, и образована она по модели, которая встречается нечасто. Чтобы понять происхождение, разберём словообразовательную цепочку: необычный корень «Абуня» плюс стандартный русский патронимический суффикс -ев.

Корень «Абуня» — ключ к происхождению. Скорее всего, это вариант арабского имени Абуня, которое восходит к «Абу» (отец) с добавлением тюркского уменьшительного суффикса -ня. В тюркских языках «Абуня» могло быть ласкательной формой имени Абубакир или Абуали — то есть «отец» в переносном смысле, уважаемый, старший. Другая версия, менее вероятная, но возможная: «Абуня» — русифицированное башкирское или татарское имя, где -ня указывает на нечто маленькое или близкое, как в русских именах Ваня, Таня. В любом случае основа указывает на восточное происхождение — скорее всего, из среды татар, башкир или народов Кавказа.

Суффикс -ев присоединяли к основам на мягкий согласный или -я, и он означает «сын Абуни». Фамилия возникла в среде, где тюркское или мусульманское имя адаптировали под русскую модель: Абуня → Абуняев → Абуняева. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками жили татары и башкиры, а русские фамилии на -ев нередко давали по отцу, носившему тюркское имя. Встречается она и на Северном Кавказе, но реже. По сословному происхождению предки Абуняевых могли быть крестьянами или мещанами из татарских слобод, хотя точных данных нет — фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Абубакиров, Абушев, Абуев — у них та же основа «Абу», но с разными суффиксами. Абуняева выделяется именно уменьшительным -ня, что делает её более «домашней» по звучанию: это не просто «сын Абу», а «сын Абуни» — человека, которого называли ласково или по-свойски. Такая модель встречается реже, чем привычные Абубакиров или Абуев, и сразу указывает на неформальное, семейное прозвище в основе.