Фамилия Абылхожин — один из примеров того, как тюркские и арабские элементы встроились в русскую фамильную модель. Её основа — составное личное имя Абылхожа. Первая часть, «Абыл», — тюркская переработка арабского имени Абдулла (Абдаллах), то есть «раб Аллаха». В тюркских языках звук «д» переходил в «й», поэтому «Абд» превратилось в «Абыл». Вторая часть, «хожа» (или «ходжа»), восходит к персидскому «хваджа» — «господин», «наставник». В Средней Азии ходжами называли потомков пророка Мухаммеда, а также уважаемых людей: купцов, духовных лиц, учителей. Имя Абылхожа буквально означает «раб Господина» или «слуга Господа» — сочетание религиозного смирения с указанием на высокий статус.

Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а, -я. В паспортной системе Российской империи, особенно среди казахов и татар, такие фамилии фиксировали как «Абылхожин» — буквально «сын Абылхожи». Это типичная для XIX века практика: мусульманские имена адаптировали под русские отчества и фамилии.

Географически фамилия почти наверняка связана с Казахстаном. Среди казахов имя Абылхожа встречается чаще, чем у других тюркских народов, особенно в южных регионах, где сильно влияние суфизма и культа святых. Встречаются варианты написания — Абылходжин, Абылкожин, но паспортная форма «Абылхожин» закрепилась именно в русскоязычной документации.

С точки зрения социального контекста, предки-носители этой фамилии, скорее всего, относились к привилегированным слоям казахского общества — «ак суйек» (белая кость). Ходжи в степи были уважаемыми людьми: муллами, судьями (биями), учителями в медресе. Однако фамилия не обязательно говорит о прямом родстве с пророком — со временем титул «ходжа» могли давать за учёность или богатство. В любом случае, за фамилией Абылхожин стоит история исламской образованности и степной аристократии, адаптированная под русскую бюрократическую машину.